加州理工学院的新超算‘海狸’运行最初的酵母菌模拟程序，只需要十分钟，而原先的超算需要将近一百个小时。</br> 不再是单纯的比拼算力，而是基因一号芯片配合曾凡专门设计的系统架构，能更好的适应模拟程序的运行。</br> 新完成的果蝇模拟程序，超算第一次运行仍然消耗了十多个小时，这是一雌一雄同时模拟的完整过程，有了第一次的数据，后续模拟消耗时间会大幅度减少，这就是新超算系统的独特优势。</br> 果蝇的细胞总数只有几十万，小白鼠的细胞总数一点五万亿以上，不过有了前面的数据积累，还有新型超级计算机的助力，模拟的难度没有细胞数目的差距那么大。</br> 曾凡的实验计划是一年完成整个过程，小白鼠是哺乳动物，成长没有果蝇的变态过程，基因功能演化模拟的主要难度在胚胎发育阶段，只要这个起始阶段过去，后续难度会降低很多，可能都用不了一年时间。</br> 为了配合曾凡的这个计划，帕米拉实验室的人员扩充到了八十多人，整个生物学部将近一半的人员都参与进来，如果人数不足，还可以随时找其他学校一起联合研究。</br> 小白鼠和人类的基因组相似度超过百分之九十，如果能用超算成功模拟小白鼠，那距离模拟人类基因组的演化只有一步之遥，那意味着什么，很多人都清楚，学校内外有无数人都在默默关注着曾凡的模拟进程。biqubao.com</br> 模拟从一颗受精卵细胞开始，雌鼠和雄鼠的染色体结合到一起，新的生命诞生，开始细胞的分裂过程。</br> 别看果蝇到小白鼠基因的数目只从一万三增加到三万多，可是果蝇只有四对染色体，小白鼠却有二十对染色体，果蝇基因组碱基对一点四亿，小白鼠却有二十七亿，信息含量完全不是一个数量级。</br> 碱基序列增加可不仅仅是模拟的复杂度提升，而是计算机模拟基因序列解螺旋和复制，RNA翻译的拼接肽链时间会更长，也更容易出错。</br> 实际生命的诞生过程中同样会出错，有的错误不影响全局，可以忽略过去，有的错误可能导致整个基因复制中断，那就意味着失败，生命还没诞生就结束了。</br> 越是开始阶段，这个过程当然越重要，受精卵第一次分裂在超算上面的演化模拟进行了整整一天的时间，不知道中断了多少次，曾凡不断修改数据，直到晚上十二点过才离开实验室回去睡觉，次日早早的又来到实验室。</br> 超算并没有因为错误自动中止，演化模拟依然在持续进行，细胞分裂已经进行了上百次，已经从一个细胞变成了一个小肉团。</br> 检查了一遍后台的数据，一切正常，并没有中断的记录，比果蝇演化刚开始的时候顺利了很多。</br> 然后又检查分裂出来的细胞中的基因序列，看看有没有太多的错误，基因解螺旋复制再拼接组合的过程肯定会有错误，只要错误不影响后续发育就行，这部分模拟程序自身也会进行检查，小错误会自动修正，错误太大同样会自动中止。</br> 相比较原先的超算，海狸自动修正功能更加优秀，这也是第一次分裂完成后，后续进展这么顺利的根本原因。</br> 通过之前酵母菌，果蝇的模拟积累的数据，关于基因的复制转录，翻译到蛋白质的过程已经有了足够多的精确信息，这些信息总结出来的基本规律都是一样的，包括现在的小白鼠，微观上的演化过程都一样，区别的只是复杂程度。</br> 就像木工的榫卯结构，基本原理和手法都相同，酵母菌是做了一个鲁班锁玩具，果蝇就相当于做了一套家具，小白鼠就相当于要做出一套纯木结构建筑。</br> 基因组就相当于建造图纸，计算机演化模拟就是复现整个建造过程，前面的酵母菌和果蝇的模拟已经锻炼出来建筑技术，可以完成大部分小白鼠的演化模拟，但是这个工程毕竟更大，还涉及到更高深的建筑手段，肯定需要在不断试错中完成。</br> 好在计算机的优点就是可重复性强，所有的数据都可以有序存储起来，相同的错误解决后下次不会再犯，模拟的过程也是在这样的过程中一点点进展。</br> 每日重复的工作中，时间快速流逝，转眼间又临近春季学期期末。</br> 实验室中与演化模拟同步孕育的小白鼠已经出生并且长大，繁殖出了后代，它们的后代都快到繁殖期了，超算中模拟的小白鼠还在孕育期没有出生。</br> 与曾凡几个月专注于小白鼠的演化模拟中不同，薛燕这个学期忙碌了许多，不仅要顾及自己的学业，周末还要去贝拉农场，参与贝拉农场实验室的超算演化模拟。</br> 单纯的操作超算除了开始的阶段，后续其实她不参与也没有关系，酵母菌和噬菌体的模拟程序已经很成熟，实验室的很多人都可以独立操作。</br> 薛燕是真正的对这些微生物的改造产生了兴趣，看着这些现实中没有的微生物被设计出来，通过实验室合成制造出来，再作用于那些致病细菌身上，让她产生了莫名的成就感，尽管她只是配合别人工作，也让她对这些研究产生了浓厚兴趣。</br> 她的本科主修的仍然是理论物理，这学期多选了两门生物学课程，后面的研究生阶段是不是转修生物学她有点犹豫了。</br> 晚上睡觉前，询问曾凡的意见：“你觉得我本科毕业后，也改成生物学研究生怎么样？”</br> “怎么，你想学基因编辑？”</br> “感觉挺有意思，理论物理虽然也能吸引我的兴趣，可是没有好的想法，感觉没有太大前途，合成生物学就不一样了，可以创造出无限可能！”薛燕兴致勃勃的说道。</br> “理论物理的大部分知识自学都能完成，以后有了好的想法，随时可以转过来研究，生物学对实验条件要求比较高，自学难度比较大，学校学习是最好的方式，你自己感兴趣就行，我支持你的决定！”曾凡当然不会泼冷水，以后俩人多点共同话题，不至于他一谈到工作内容，薛燕就打瞌睡。</br> “我们开发出一种新型噬菌体，以无害的芽孢杆菌为载体，可以杀灭五种最常见的农作物病菌，效果特别好，已经申请专利了！”</br> “你对这方面感兴趣，以后实验室就交给你经营，这种新型农药未来或许能取代化学农药也说不定，只要安全性控制好，生产成本还不需要太高，应该很有前途！”曾凡说道。</br> “我对发明研究感兴趣，对经营不感兴趣！”</br> “这又不矛盾，你招聘专业的人帮你做具体的事情，你指明方向就够了，让别人配合你！”曾凡这方面已经有一定的心得了。</br> “那我试试吧！”</br> “你肯定会做的比我好！”曾凡鼓励道。</br> 在维护人际关系方面，薛燕比他强多了，他们共同认识的人有什么事情通常都是先找薛燕沟通，知道他怕麻烦，都是能不找他就不找他。
三月，初春。</br>南凰洲东部，一隅。</br>阴霾的天空，一片灰黑，透着沉重的压抑，仿佛有人将墨水泼洒在了宣纸上，墨浸了苍穹，晕染出云层。</br>云层叠嶂，彼此交融，弥散出一道道绯红色的闪电，伴随着隆隆的雷声。</br>好似神灵低吼，在人间回荡。</br>，。血色的雨水，带着悲凉，落下凡尘。</br>大地朦胧，有一座废墟的城池，在昏红的血雨里沉默，毫无生气。</br>城内断壁残垣，万物枯败，随处可见坍塌的屋舍，以及一具具青黑色的尸体、碎肉，仿佛破碎的秋叶，无声凋零。</br>往日熙熙攘攘的街头，如今一片萧瑟。</br>曾经人来人往的沙土路，此刻再无喧闹。</br>只剩下与碎肉、尘土、纸张混在一起的血泥，分不出彼此，触目惊心。</br>不远，一辆残缺的马车，深陷在泥泞中，满是哀落，唯有车辕上一个被遗弃的兔子玩偶，挂在上面，随风飘摇。</br>白色的绒毛早已浸成了湿红，充满了阴森诡异。</br>浑浊的双瞳，似乎残留一些怨念，孤零零的望着前方斑驳的石块。</br>那里，趴着一道身影。</br>这是一个十三四岁的少年，衣着残破，满是污垢，腰部绑着一个破损的皮袋。</br>少年眯着眼睛，一动不动，刺骨的寒从四方透过他破旧的外衣，袭遍全身，渐渐带走他的体温。</br>可即便雨水落在脸上，他眼睛也不眨一下，鹰隼般冷冷的盯着远处。</br>顺着他目光望去，距离他七八丈远的位置，一只枯瘦的秃鹫，正在啃食一具野狗的腐尸，时而机警的观察四周。</br>似乎在这危险的废墟中，半点风吹草动，它就会瞬间腾空。</br>而少年如猎人一样，耐心的等待机会。</br>良久之后，机会到来，贪婪的秃鹫终于将它的头，完全没入野狗的腹腔内。</br>，，。，。</br>
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